Lastentautien tutkimussäätiö myöntää apurahoja lapsia ja nuoria koskevaan lääketieteelliseen tutkimukseen.
Apurahoilla tuetaan pitkäkestoisia tutkimusprojekteja ja lastensairauksien erikois- ja erikoistuvien lääkäreiden pitkäjänteistä tutkimustyötä. Tarkoituksena on mahdollistaa myös osa-aikainen tutkimustyö. Tutkimushankkeiden kansallinen ja kansainvälinen yhteistyö katsotaan eduksi.
Apurahoja myönnetään valtakunnallisista rahastoista, eri yliopistojen klinikkarahastoista sekä erikoisrahastoista, joita ovat Lapsuusiän endokrinologian rahasto, Ester Mäkelän rahasto (syöpätaudit) ja Lounais-Suomen Vastasyntyneiden tutkimusrahasto. Hakija voi halutessaan osoittaa hakemuksensa ko. erikoisrahastoon.
APECED-oireyhtymän tutkimiseen on mahdollista anoa kohdistettua rahoitusta.
Säätiön apurahalautakunta arvioi kaikki tulleet hakemukset lukuun ottamatta väitöskirja-apurahoja, jotka paikallisten klinikkarahastojen apurahalautakunnat arvioivat. Klinikkarahastoilla ja erikoisrahastoilla on omat sääntöjen mukaiset apurahalautakunnat. Päätökset myönnettävistä apurahoista tekee säätiön hallitus apurahalautakuntien esitysten perusteella.